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基因组

LettuceDB: Lettuce DataBase

栽培生菜数据库

https://db.cngb.org/lettuce/
caigui
Flaveria genomes Dataset
https://db.cngb.org/genomics/datasets...
caigui
MilletDB: Millet DataBase

谷子数据库

https://db.cngb.org/millet/home
caigui
10KP: 10,000 Plant Genomes Project

1万植物基因组计划

https://db.cngb.org/10kp/
caigui
Brassicaceae Database (BRAD)

十字花科植物数据库

http://brassicadb.cn/#/
caigui
BnIR (Brassica napus multi-omics information resource)

BnIR( Brassica napus 多组学信息资源)是一个针对甘蓝型油菜的精心整理和整合的多组学资源。在该数据库中,我们整合并分析了来自基因组学、表观基因组学、转录组学、代谢组学和表型组学的数据集,并为用户提供多种工具,以便用户轻松利用这些数据集。

https://yanglab.hzau.edu.cn/BnIR
Brassica napus
liuwu
quarTeT

常用工具为TeloExplorer和CentroMiner,上传基因组勾选这两个选项,可以分析组装出基因组的端粒和着丝粒。

http://www.atcgn.com:8080/quarTeT/hom...
caigui
Index to Plant Chromosome Numbers
Index to Plant Chromosome Numbers

可以搜索植物的染色体数目。

https://legacy.tropicos.org/Project/IPCN
caigui
rap-db
rap-db

The Rice Annotation Project Database 水稻常用的两套注释中的其中一套,基因ID示例:Os01g0100650

https://rapdb.dna.affrc.go.jp/
caigui
地钱基因组数据库

Mp Tak-1/2 基因组

https://marchantia.info/
liuwu
Phytozome

植物基因组收录数据库,方便进行BLAST

https://phytozome-next.jgi.doe.gov/
ZN
P. patens Gene Model Lookup DB

苔藓、轮藻、绿藻等基因组数据库

https://peatmoss.plantcode.cup.uni-fr...
tangyihui
FernBase

蕨类基因组数据库

https://fernbase.org/
tangyihui
麦类基因组库

A Database for Triticeae and Avena

https://graingenes.org/GG3/
liuwu
Sol Genomics Network
Sol Genomics Network

茄科植物数据库

https://solgenomics.net/
tangyihui
PeanutBase
PeanutBase

不同栽培种花生的基因组与遗传信息数据库

https://dev.peanutbase.org/
guzewei
PLAZA
PLAZA

植物比较基因组学的数据库,集中整合了大量基因组数据。细分为单子叶、双子叶、硅藻和真核微生物

https://bioinformatics.psb.ugent.be/p...
持续更新至今十几年了,一个非常好的数据库。 关键词:基因组
caigui
SoyOmics
SoyOmics

大豆多组学数据库,中科院田志喜课题组发布

https://ngdc.cncb.ac.cn/soyomics/index
关键词:大豆;Glycine max;soybean
caigui
published plant genomes
published plant genomes

以进化树形式列出了所有已发表植物的基因组,更新比较及时,数据比较完整

https://www.plabipd.de/plant_genomes_...
点击导航栏cladogram,可以选择开花植物和非开花植物。 关键词:植物已发表基因组
caigui
TAIR
TAIR

拟南芥最大综合数据库。

https://www.arabidopsis.org/
关键词:At;Arabidopsis thaliana
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