星流

国产设计Agent

中国科技云大模型 API 开放平台

可以免费申请使用权限

硅基流动

智谱AI

GLM模型

openrouter

一个AI模型聚合平台，整合了主流大语言模型，提供统一的API接口和交互界面。

minimax

ChatGPT

LMArena

LMSYS Chatbot Arena，是目前全球人工智能领域公认度最高、最权威的大模型评测平台。 最重要的是同时免费使用两个AI模型

豆包

字节跳动旗下AI助手

perplexity

一款将 AI 聊天机器人与搜索引擎深度结合的“回答引擎”。它不像传统搜索引擎那样只给你一堆链接，而是直接通过检索互联网信息，为你总结出一份带有引用的详尽答案。

Gemini

Google旗下AI

Google AI Studio

Google旗下AI

Copilot

微软公司推出的AI助手

Grok

xAI基于大型语言模型开发的生成式人工智能聊天机器人

Claude

美国科技公司Anthropic开发的大型语言模型

Qwen3-通义千问

阿里巴巴开源的新一代通义千问模型

deepseek

DeepSeek是杭州深度求索人工智能基础技术研究有限公司推出的AI助手。

磐石(ScienceOne)

由中国科学院联合团队研发的“磐石·科学基础大模型”，内置“磐石·文献罗盘”和“磐石·工具调度台”两个科学智能体。

Kimi

中国月之暗面公司发布的Kimi AI模型

Decoding Genomes: From Sequences to Phylodynamics

Mastering Shiny

R for Data Science (2e)

Cas-OFFinder

crispr脱靶效率验证

CHOPCHOP

CRISPR design tools for multiple species

CRISPR-P 2.0

CRISPR-P 2.0: an improved CRISPR/Cas9 tool for genome editing in plants

nf-core

包含众多开源的Nextflow生信分析pipelines

Rfam

The Rfam database is a collection of RNA families, each represented by multiple sequence alignments, consensus secondary structures and covariance …

miRBase

the microRNA database

PmiREN

PmiREN (Plant miRNA ENcyclopedia) is a comprehensive functional plant miRNA database.

RNAfold

Predict secondary structures of single stranded RNA or DNA sequences.

ATTED-II

拟南芥基因共表达分析

REGENOMICS

A web-based application for plant REGENeration-associated transcriptOMICS analyses

PlaBiPD

德国于利希研究中心维护的一个植物生物信息学数据库和工具平台。目前包括4个工具【Helixer（基因预测）、Mercator4（功能注释）、MapMan（通路可视化）、Trimmomatic（数据清洗）】和3个资源(已发表植物基因组库、植物基因组项目追踪、Plant 2030 国家战略计划)

MDESTA: Maize Development Ear Spatial Transcriptome Atlas

MDESTA：玉米雌穗发育空间转录组图谱

ASRSSTA: Arabidopsis Shoot Regeneration Single-cell Spatiotemporal Transcriptomic Atlas

ASRSSTA：拟南芥茎再生单细胞时空转录组图谱

PlantscRNAdb

植物单细胞marker基因，持续更新中，已经于2025年年底更新到4.0了

Arabidopsis Developmental Atlas Viewer

A single-cell, spatial transcriptomic atlas of the Arabidopsis life cycle 2025年NP的拟南芥数据集，比较难用的在线可视化网站 https://doi.org/10.1038/s41477-025-02072-z

Arabidopsis Cell Atlas

a comprehensive single-cell transcriptomic atlas of Arabidopsis 2025年的cell文章，此页面可以下载该文章的数据集 https://doi.org/10.1016/j.cell.2025.03.024

地钱单细胞数据可视化

王佳伟老师组发表的地钱单细胞组学数据

Plant sc-Atlas

根特大学发布的一个包含拟南芥根、叶片和小麦根单细胞数据的可视化网站，查询方便。

水稻单细胞多组学数据

Chromatin accessibility and RNA expression in 116,564 cells from eight organs in Rice

SOTA: Soybean Organ Transcriptomic Atlas

大豆单细胞及空间转录组数据库，中科院田志喜课题组发布

bryogenomes

地钱单细胞数据可视化

王佳伟老师组发表的地钱单细胞组学数据

地钱基因组数据库

Mp Tak-1/2 基因组

地钱转录因子表达pattern

地钱营养生长中的转录因子表达供参考

PlaBiPD

德国于利希研究中心维护的一个植物生物信息学数据库和工具平台。目前包括4个工具【Helixer（基因预测）、Mercator4（功能注释）、MapMan（通路可视化）、Trimmomatic（数据清洗）】和3个资源(已发表植物基因组库、植物基因组项目追踪、Plant 2030 国家战略计划)

LettuceDB: Lettuce DataBase

栽培生菜数据库

Flaveria genomes Dataset

Genomics Data Portal

MilletDB: Millet DataBase

谷子数据库

10KP: 10,000 Plant Genomes Project

1万植物基因组计划

Brassicaceae Database (BRAD)

十字花科植物数据库

bryogenomes

BnIR (Brassica napus multi-omics information resource)

BnIR（ Brassica napus 多组学信息资源）是一个针对甘蓝型油菜的精心整理和整合的多组学资源。在该数据库中，我们整合并分析了来自基因组学、表观基因组学、转录组学、代谢组学和表型组学的数据集，并为用户提供多种工具，以便用户轻松利用这些数据集。

quarTeT

常用工具为TeloExplorer和CentroMiner，上传基因组勾选这两个选项，可以分析组装出基因组的端粒和着丝粒。

Index to Plant Chromosome Numbers

可以搜索植物的染色体数目。

rap-db

The Rice Annotation Project Database 水稻常用的两套注释中的其中一套，基因ID示例：Os01g0100650

地钱基因组数据库

Mp Tak-1/2 基因组

Phytozome

植物基因组收录数据库，方便进行BLAST

P. patens Gene Model Lookup DB

苔藓、轮藻、绿藻等基因组数据库

FernBase

蕨类基因组数据库

麦类基因组库

A Database for Triticeae and Avena

Sol Genomics Network

茄科植物数据库

PeanutBase

不同栽培种花生的基因组与遗传信息数据库

PLAZA

植物比较基因组学的数据库，集中整合了大量基因组数据。细分为单子叶、双子叶、硅藻和真核微生物

SoyOmics

大豆多组学数据库，中科院田志喜课题组发布

published plant genomes

以进化树形式列出了所有已发表植物的基因组，更新比较及时，数据比较完整

TAIR

拟南芥最大综合数据库。

SOTA: Soybean Organ Transcriptomic Atlas

大豆单细胞及空间转录组数据库，中科院田志喜课题组发布

SoyOmics

大豆多组学数据库，中科院田志喜课题组发布

大麦基因表达数据库

栽培大麦，野生大麦以及青稞在内的基因表达谱

protocols.io

“可引用、带版本号、能协作”的在线实验方法库，旨在提高科研可重复性

Plant Stem Cell Informatics Database

808种植物中鉴到的2,790,327个可能与干细胞相关的候选基因

FAMSA

T-Coffee

多序列比对工具

HMMER

包含phmmer, hmmscan, hmmsearch, jackhmmer四个在线工具

宁波明舟生物科技有限公司

微生物菌株

灰藻生物科技有限公司

专注于微生物菌种和分子微生物学资源的收集、鉴定和培养保藏,致力打造业内领先的微生物资源鉴定保藏平台。灰藻生物服务类型多样,涵盖资源收集、鉴定和保藏等多元科研服务,提供菌种分离、纯化与鉴定、微生物定量检测、微生物生理生化分析、基因组DNA定制、质粒构建、基因编辑等生物技术服务。

中国普通微生物菌种保藏管理中心(China General Microbiological Culture Collection Center, CGMCC)

中国普通微生物菌种保藏管理中心(China General Microbiological Culture Collection Center, CGMCC)是我国最早的微生物资源保藏和共享利用机构。CGMCC目前保存各类微生物资源超过15500种，11.5万余株，用于专利程序的生物材料3.5万余株，微生物元基因文库超过75万个克隆。

REGENOMICS

A web-based application for plant REGENeration-associated transcriptOMICS analyses

ASRSSTA: Arabidopsis Shoot Regeneration Single-cell Spatiotemporal Transcriptomic Atlas

ASRSSTA：拟南芥茎再生单细胞时空转录组图谱

拟南芥突变信息查询网站

查询拟南芥T-DNA插入信息

拟南芥T-DNA突变体引物设计网站

鉴定突变体的引物设计网站

Arabidopsis Developmental Atlas Viewer

A single-cell, spatial transcriptomic atlas of the Arabidopsis life cycle 2025年NP的拟南芥数据集，比较难用的在线可视化网站 https://doi.org/10.1038/s41477-025-02072-z

Arabidopsis Cell Atlas

a comprehensive single-cell transcriptomic atlas of Arabidopsis 2025年的cell文章，此页面可以下载该文章的数据集 https://doi.org/10.1016/j.cell.2025.03.024

Plant sc-Atlas

根特大学发布的一个包含拟南芥根、叶片和小麦根单细胞数据的可视化网站，查询方便。

ATTED-II

拟南芥基因共表达分析

Arabidopsis RNA-seq Database

Search gene expression levels from 20,000+ public Arabidopsis RNA-Seq libraries

TAIR

拟南芥最大综合数据库。

爱科学

有查询影响因子的功能

科研Mate导航

收录了很多研究生可能用得到的网站

SCINAV科研导航

收集了很多研究生可能用得到的网站

PLAZA

植物比较基因组学的数据库，集中整合了大量基因组数据。细分为单子叶、双子叶、硅藻和真核微生物

Database Commons

全球生物数据库的手工整理目录

sci-hub

总结了哪些scihub网站可以用

爱科学

有查询影响因子的功能

生物技术通报

中国农业科学院农业信息研究所主办的中文期刊

中国科学:生命科学

中国科学院主办的中文期刊

植物生理学报

中国科学院分子植物科学卓越创新中心主办的植物主题中文期刊

植物学报

中国科学院植物研究所主办的植物主题中文期刊

bioRxiv

冷泉港实验室运营的生物学预印本平台

Genomics Data Portal

10KP: 10,000 Plant Genomes Project

1万植物基因组计划

N3database

PlantGIR

EnsemblPlants

1. GreenPhyl - [GreenPhyl species, genomes and pan-genomes](https://www.greenphyl.org)

GreenPhylDB是一个专为植物比较和功能基因组学而设计的网络资源。版本5.1现在包含一个聚类/基因家族目录，结合了19个泛基因组（如水稻、玉米、香蕉、葡萄、可可）和27个参考基因组，共计46个物种。

Phytozome

植物基因组收录数据库，方便进行BLAST

RLKdb

300种植物的受体激酶预测

CoNekT

13种植物多种组织器官的表达谱

Plant Stem Cell Informatics Database

808种植物中鉴到的2,790,327个可能与干细胞相关的候选基因

PLAZA

植物比较基因组学的数据库，集中整合了大量基因组数据。细分为单子叶、双子叶、硅藻和真核微生物

Rice Genome Annotation Project

提供水稻日本晴亚种的基因组序列以及 12 条水稻染色体的注释信息。 水稻常用的两套注释中的其中一套，基因ID示例：LOC_Os11g05490

rap-db

The Rice Annotation Project Database 水稻常用的两套注释中的其中一套，基因ID示例：Os01g0100650

水稻单细胞多组学数据

Chromatin accessibility and RNA expression in 116,564 cells from eight organs in Rice

国家水稻数据中心

中国水稻研究所主办的一个以水稻为主题的大型数据库平台

Brassicaceae Database (BRAD)

十字花科植物数据库

BnIR (Brassica napus multi-omics information resource)

BnIR（ Brassica napus 多组学信息资源）是一个针对甘蓝型油菜的精心整理和整合的多组学资源。在该数据库中，我们整合并分析了来自基因组学、表观基因组学、转录组学、代谢组学和表型组学的数据集，并为用户提供多种工具，以便用户轻松利用这些数据集。

狂扁小朋友

童年经典游戏，适合研究生解压，chrome浏览器也可打开玩

生菜基因表达谱

The Lettuce Expression Browser (LEB) is a comprehensive resource for exploring RNA-seq data across a diverse range of lettuce (Lactuca …

LettuceDB: Lettuce DataBase

栽培生菜数据库

Sol Genomics Network

茄科植物数据库

vecteezy

免费在线设计素材资源下载网站平台

众图网

实验室买了永久会员的一个素材网站

BioRender

专为科学家、科研人员和医护工作者设计的在线图形绘制平台

freepik

素材资源库，包括adobe illustrator的画笔库

iloveimg

图像文件在线处理

https://www.phylopic.org/

专门提供生物剪影（silhouette）素材的免费图库网站。 全部素材免费，且多为公共领域（Public Domain）授权，可自由使用、修改甚至商用

SOTA: Soybean Organ Transcriptomic Atlas

大豆单细胞及空间转录组数据库，中科院田志喜课题组发布

RLKdb

300种植物的受体激酶预测

生菜基因表达谱

The Lettuce Expression Browser (LEB) is a comprehensive resource for exploring RNA-seq data across a diverse range of lettuce (Lactuca …

Arabidopsis RNA-seq Database

Search gene expression levels from 20,000+ public Arabidopsis RNA-Seq libraries

地钱转录因子表达pattern

地钱营养生长中的转录因子表达供参考

大麦基因表达数据库

栽培大麦，野生大麦以及青稞在内的基因表达谱

CoNekT

13种植物多种组织器官的表达谱

QHistone

拟南芥多种组蛋白修饰ChIP-seq数据汇总

meme

https://meme-suite.org/meme/tools/meme

PROSITE

NCBI-CD search

HMMER

包含phmmer, hmmscan, hmmsearch, jackhmmer四个在线工具

InterPro

蛋白质家族分类，并预测结构域和重要位点

Expasy

Translate is a tool which allows the translation of a nucleotide (DNA/RNA) sequence to a protein sequence.

术语在线

写科普文章时，可以确认术语是否运用准确

iloveimg

图像文件在线处理

ilovepdf

pdf文件在线处理

Tools

我开发的一个科研小工具在线集合网站：包括序列处理及提取，引文网络可视化，维恩图绘制等

PlaBiPD

德国于利希研究中心维护的一个植物生物信息学数据库和工具平台。目前包括4个工具【Helixer（基因预测）、Mercator4（功能注释）、MapMan（通路可视化）、Trimmomatic（数据清洗）】和3个资源(已发表植物基因组库、植物基因组项目追踪、Plant 2030 国家战略计划)

PeanutOmics

构建了花生全生育期22个组织转录组、蛋白质组与代谢组的全景图谱，并推出首个花生多组学数据平台PeanutOmics。

PeanutBase

不同栽培种花生的基因组与遗传信息数据库

FBbase

多种荧光蛋白的激发与发射波长、蛋白序列、点突变优化历程

iTAK

Plant Transcription factor & Protein Kinase Identifier and Classifier

HMMER

包含phmmer, hmmscan, hmmsearch, jackhmmer四个在线工具

InterPro

蛋白质家族分类，并预测结构域和重要位点

PlantTFDB

植物转录因子数据库

SWISS-MODEL

蛋白三维结构预测

AlphaFold Server

蛋白质、DNA、RNA、小分子等结构预测

Charles Melnyk's Lab

姜凯课题组

云南大学姜凯老师课题组

曹宇虹课题组

国家纳米科学中心曹宇虹老师

刘宏涛课题组

深圳大学生命与海洋科学学院刘宏涛老师

Stefan A. Rensing Lab

Stefan A. Rensing课题组在Cell期刊上发布了首个轮藻基因组

TIAN Lab

田志喜-中国科学院遗传与发育生物学研究所

Beeckman Lab

Beeckman Tom——比利时VIB-UGent

Lin Xu Lab

徐麟-中科院分子植物科学卓越创新中心

iTAK

Plant Transcription factor & Protein Kinase Identifier and Classifier

PlantCARE

在共同调控的启动子序列数据集中搜索调控元件

地钱转录因子表达pattern

地钱营养生长中的转录因子表达供参考

ConnecTF

转录因子与靶基因的互作

PlantPAN 4.0

The Plant Promoter Analysis Navigator (PlantPAN) provides an informative resource for detecting transcription factor binding sites (TFBSs), corresponding TFs, and …

PlantTFDB

植物转录因子数据库

meme

https://meme-suite.org/meme/tools/meme

plantRegMap

植物转录因子、调控元件及它们之间的相互作用。

New PLACE

PLACE是一个数据库，收集了在植物顺式作用调控DNA元件中发现的基序。PLACE数据库还为用户提供了每个基序的简要描述和相关文献信息及其PubMed ID号。

PlantCARE

在共同调控的启动子序列数据集中搜索调控元件

PlantPAN 4.0

The Plant Promoter Analysis Navigator (PlantPAN) provides an informative resource for detecting transcription factor binding sites (TFBSs), corresponding TFs, and …

Plant sc-Atlas

根特大学发布的一个包含拟南芥根、叶片和小麦根单细胞数据的可视化网站，查询方便。

大麦基因表达数据库

栽培大麦，野生大麦以及青稞在内的基因表达谱

麦类基因组库

A Database for Triticeae and Avena